忍者ホームページ（無料版）の自動挿入タグ の記事で書いた件ですが、忍者ツールズ側が対応してくれたので解決しました。

現在は</head>の前に1回だけ広告用CSSが自動挿入されているだけで、</header>の前には自動挿入されていない状態です。

何にしても迅速に対応してもらえたのは有難い。